Το BioJava είναι ένα έργο ανοιχτού κώδικα αφιερωμένο στην παροχή μιας βιβλιοθήκης Java για την επεξεργασία βιολογικών δεδομένων. Παρέχει αναλυτικές και στατιστικές ρουτίνες, αναλυτές για κοινές μορφές αρχείων και επιτρέπει τον χειρισμό βιολογικών ακολουθιών και τρισδιάστατων δομών. Ο κύριος στόχος του έργου είναι να διευκολύνει την ταχεία ανάπτυξη εφαρμογών για τη βιοπληροφορική.
