Το Bowtie είναι ένας εξαιρετικά γρήγορος, αποδοτικός στη μνήμη σύντομος αναγνώστης. Ευθυγραμμίζει τις μικρές ακολουθίες DNA με το ανθρώπινο γονιδίωμα με ρυθμό πάνω από 25 εκατομμύρια αναγνώσεις ανά ώρα. Το Bowtie ευρετηριάζει το γονιδίωμα με ένα δείκτη Burrows-Wheeler για να διατηρήσει το αποτύπωμα μνήμης μικρό: συνήθως περίπου 2,2 GB για το ανθρώπινο γονιδίωμα (2,9 GB για paired-end).
